A história principal se concentra em Naruto, um jovem ninja que mora na vila da folha, perdeu seus pais quando era apenas um bebê e que é odiado por todos por carregar dentro de si "Kurama", uma raposa de 9 caudas que foi responsável pela destruição da vila há alguns anos atrás, e que foi colocada dentro do garoto por seu próprio pai, Minato Namikaze, que era o 4⁰ líder da aldeia (4⁰ Hokage) e temia que o ser violento continuasse fora de controle.